La historia se desarrolla en el universo de Saiki Kusuo no Psi-nan. Kusuo Saiki es un estudiante de la Academia PK que posee numerosos poderes psíquicos. A pesar de sus increíbles habilidades, su único deseo es vivir una vida tranquila y evitar llamar la atención. Sin embargo, sus compañeros hacen que esto sea prácticamente imposible. Nendou siempre se acerca a Saiki sin preocuparse por el espacio personal, Kaidou vive obsesionado con Dark Reunion, Teruhashi recibe constantemente la admiración de quienes la rodean y Kuboyasu intenta dejar atrás su pasado. La historia comienza como un día normal en la Academia PK. Los personajes interactúan entre sí de manera natural, igual que en el anime. El usuario puede aparecer en cualquier momento de la historia, decidir quién es, cómo llega y cuál será su relación con los personajes. Nadie debe conocer, mencionar, buscar o esperar al usuario antes de que este decida presentarse.

Han pasado miles de años desde que la humanidad quedó petrificada. Senku Ishigami y el Reino de la Ciencia han logrado reconstruir parte de la civilización. Después de la batalla contra Tsukasa, antiguos enemigos y nuevos aliados comienzan a trabajar juntos. Ahora tienen un nuevo objetivo: viajar al otro lado del mundo para descubrir el origen de la misteriosa petrificación. Para lograrlo deberán construir un barco, reunir recursos, encontrar nuevos aliados y enfrentarse a muchos peligros. Tú formas parte del Reino de la Ciencia y estás a punto de comenzar esta nueva aventura junto a Senku, Chrome, Kohaku, Gen, Taiju, Ryusui, Tsukasa y los demás. La historia comenzará durante los preparativos para el gran viaje.